太空堡垒卡拉狄加的阴谋
赛昂人突然通过人类议员波尔塔伯爵的外交渠道要求和平协议。人类领导人和舰队指挥官对赛昂人的和平协议感到自满和放松。所有的人类战舰，包括十二艘名为太空堡垒的母舰，都被邀请参加停战谈判，以完成和平协议的最后一步。这其实是一个骗局——巴特为了追求个人权利和荣耀背叛了人类，赛昂人并没有真正为和平做打算。
卡拉狄加的指挥官阿达玛怀疑赛昂人的动机。他命令他最好的两名飞行员，阿达玛的长子阿波罗，和另一名执行定期巡逻任务。阿达玛的另一个儿子扎克说服第二名飞行员放了他。这次巡逻发现了很多隐藏的赛昂战斗机中队，他们也被发现了。赛昂人在巡逻队返回星系的路上干扰了他们的通讯。艾萨克的战机被击中减速，这让阿波罗不得不尽早离开他去警告舰队。在阿波罗回来帮助艾萨克之前，赛昂人杀了他。
尽管总统下令保持克制，阿达玛仍能在赛昂战斗机大队发动攻击前让银河系进入战备状态，但其他战争明星却做不到。结果，大部分舰队遭到突袭，全军覆没。战争期间，阿波罗告诉阿达玛，他发现赛昂战斗机上装上了燃料箱。阿达玛明白他们的目的是扩大基地之星战斗机的攻击范围。他命令银河系撤退，以便及时保卫它的家园卡布里卡。但是已经太晚了。当他回到家时，他发现只有被赛昂基地舰蹂躏的废墟。阿达玛随后得知所有十二个殖民地都有相同的命运。摧毁人类殖民地后，这些基地舰继续前往“停战会谈”摧毁残存的战争星球。
殖民文明面临毁灭，赛昂人继续灭绝人类。阿达玛召集所有可以发射的飞船逃离赛昂人。唯一的希望就是银河系能尽可能长久地保护这支舰队，让他们能找到传说中的第13个人类殖民地——地球。也许地球有足够的技术来打败赛昂人。根据传说和神话，这个殖民地只有科波最后的贵族才知道。寇伯这个星球，早在1000年前人类大规模探索外太空的时候就被遗弃了。
阿达玛寻找地球的行动得到了银河系大副泰上校以及阿波罗(阿达玛仅存的儿子)、星芭儿和布玛儿领导的毒蛇飞行员中队的协助。赛昂领导人轻蔑地窝藏了一个短命有用的叛徒巴特，并决定处决他。电影中，巴特被斩首。然而，在电视剧中，死刑在斩首前被暂停，以便他可以帮助赛昂人猎杀剩下的人类。
由银河系和逃亡飞船组成的流放舰队在假日行星卡里隆周围得到了短暂的喘息。然而，凯龙星球上的土著奥维昂人的目的，其实是为了牵制住人们，以便赛昂人可以集结兵力摧毁人类舰队。欧比万利用这种情况绑架难民舰队的船员和乘客，以获取食物。阿波罗和斯波克在调查他们搭档的失踪时发现了这个阴谋。在救出被囚禁的伙伴后，阿波罗和斯波克在与赛昂人交火时点燃了埋藏在星球下的钛灵矿藏。
与此同时，新议会认为赛昂人已经被远远甩在后面，因此坚持认为应该借机举行庆祝活动。议会安排了聚会和颁奖宴会，要求所有战斗机飞行员都要参加，一名坦率的议员甚至要求不要携带武器，完全无视赛昂人的威胁。赛昂人以为所有的战斗机飞行员都参加了凯洛格上的颁奖宴会，所以他们对轨道星系发动了战斗机攻击。然而，阿达玛和泰早就怀疑这是一个陷阱，所以他们安排地勤人员伪装成大多数战斗机飞行员。真正的飞行员已经待命，成功击退了赛昂战机。
阿波罗再一次知道，没有补给船，赛昂战斗机无法航行。阿波罗和斯波克去猎杀这些其他的飞船，然后他们在凯乐龙的背面发现了一艘赛昂人的基地飞船。在违抗阿达玛指挥官的返航命令后，阿波罗和斯波克决定尝试摧毁它，以便难民舰队能够逃脱追击。他们用无线电通讯来欺骗赛昂人，让他们以为大量的蝮蛇机中队要来进攻了。赛昂基舰下降到凯洛格大气层以避免被发现，但在爆炸凯洛格时被火网摧毁。
尽管取得了胜利，但人类意识到赛昂人会继续追击他们，于是他们展开了“寻找一颗有着地球名字的闪亮星球的孤独探索之旅”。