如何检测RNA提取成功或者如何检测RNA的完整性

当进行变性凝胶电泳时，完整的总RNA将产生清晰的28S和18S rRNA带(真核样品)。28S rRNA条带的强度应该大致是18S rRNA条带的两倍。这个比值2:1 (28s: 18s)是判断RNA完整性的一个很好的指标。

使用变性凝胶电泳评估RNA完整性的一个缺点是需要观察RNA样品的量。通常，至少需要将200 ng RNA装载在变性凝胶中，以在EtBr染色下观察。在一些RNA制备实验中，如从穿刺活检样本或激光捕获显微切割样本中提取RNA，产率很低。在这种情况下，在进行表达谱分析实验之前，可能无法取出200ng RNA来评估其完整性。其他核酸染料，如sybr &:# 174；与传统的琼脂糖凝胶电泳EtBr染色法相比，金和SYBR Green II RNA染料能显著提高灵敏度。通过使用300nm透射光源(6 x 15瓦灯泡)和特殊的滤光片，SYBR Gold RNA凝胶染色可以检测低至1ng的RNA，而SYBR Green II可以检测2ng，从而可以用较少的样品进行RNA完整性分析。

目前有一种快速简便的方法可以替代传统的凝胶分析法，可以同时定量和评价RNA样品的质量。安捷伦2100生物分析仪(安捷伦科技公司)是第一个提供RNA样品状态详细信息的商业微流控仪器。当与RNA 6000 lab chip & amp；#174;(Caliper Technologies Corporation拥有的注册商标)，最小分析时间仅为1 &；#181;l浓度为10 ng/&；#181;l的样品除了评估RNA的完整性，这个自动化系统还可以提供样品RNA浓度和纯度的评估(如mRNA制备中的rRNA污染)。在过去，需要使用一些RNA样品(通过A260分光光度法)来检测浓度和纯度，而需要使用一些其他样品来评估完整性。通过使用lab chip &；#174;该系统可以仅使用一个5ng样品同时分析浓度、完整性和纯度。分析数据可以显示为凝胶状图像、电泳峰和表格。