该机构的商标申请被驳回后，已停止与国务院的重新审查。以后还会有费用吗？交的费用能退吗？

商标局的所有业务，一旦受理，无论后续结果如何，一律不退。因为一旦被录取，无论失败还是成功，考官都做了工作。

所以，你的第二个问题不能退。第一个问题是，商标被驳回放弃复审后，一旦过了驳回时间，业务终止，不再产生其他费用。