发现公司商标被侵权的最好方法是什么？
目前，我国保护知识产权有两条并行的途径，一是司法保护，二是行政保护。司法保护主要是通过提起侵权诉讼来实现的，因为目前法院奉行的是“不告不理”的原则，所以如果想通过司法途径打击商标侵权行为，就必须向法院提起诉讼并做出判决。行政保护的方式是向相关行政部门提起行政调查，行政部门会做出侵权判决并封禁。
忠旺认为，采取司法维权，诉讼周期相对较长，商标侵权案件一审诉讼周期约为6-9个月。一般企业都想尽快知道，不想拖太久。另外，诉讼成本比较高。除了支付给法院的诉讼费，还要承担调查取证、差旅费、律师费等费用。申请诉前禁令、证据保全、财产保全的，还应当提供相应的财产担保。所以对于商标权保护，中望认为用行政保护更方便，更有利。
《商标法》赋予工商行政管理部门责令侵权人停止侵权行为的权力，特别是责令侵权人销毁模具和侵权产品的权力。同时，侵权案件可以由辖区县级工商部门处理，只有标的较大、影响较大的商标案件才会提交市工商行政管理部门，这样权利人提起行政投诉、查找起来更加方便。而且行政保护的审理期一般较短，有利于权利人迅速及时地停止侵权行为。第三，在实施行政保护的过程中，行政机关不仅仅是“法官”的裁判角色，还负有制止侵权行为的行政责任。第四，权利人在进行行政调查时，不需要支付诉讼费，也不需要提供证据保全担保。行政调查的便利性一般能满足权利人尽快停止被侵权行为的要求，因此选择行政保护的方式保护商标不受侵权更为方便和有利。当然，如果侵权行为造成了巨大的经济损失，要求更多的赔偿，还是要走司法保护。
《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖刑事案件立案追诉标准的规定》第六十九条规定:【假冒注册商标案(刑法第二百一十三条)】未经注册商标所有人许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标，有下列情形之一的，应予立案追诉:
(一)非法经营数额在5万元以上或者违法所得数额在3万元以上的；
(二)假冒两个以上注册商标，违法经营额在三万元以上或者违法所得在二万元以上的；
第七十条【销售假冒注册商标的商品案(刑法第二百一十四条)】销售明知是假冒注册商标的商品，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉:
(一)销售金额在五万元以上；
(二)尚未售出，货值在十五万元以上的；
(三)销售金额不足五万元，但已售出金额与未售出金额之和在十五万元以上的。
所以对于商标侵权人来说，可能会引发刑事责任，这样通过行政调查获取相关侵权证据，对于商标侵权还是相当有力的。