处理农民商标侵权纠纷的主管机关是农业行政主管部门。

商标侵权纠纷的解决方式有三种:1。当事人协商解决，商标注册人或者利害关系人向法院提起诉讼或者请求有关行政部门处理。在我国，工商行政管理部门有权认定侵权行为，采取执法措施，责令其停止、没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标的工具，还可以处以罚款。2.当事人对责令停止侵害的行政决定不服的，可以依法提起诉讼；侵权人逾期不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。通过行政机关解决商标侵权纠纷，程序简单，从停止侵权的目的上也是有效的，但被侵权人不可能通过这种行政调查获得民事赔偿。3.如果侵权，被侵权人也可以直接向人民法院提起侵权诉讼，诉讼是最终的解决方式。即使案件已经由工商行政管理部门处理，当事人仍然可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径提出各种民事救济请求。

法律客观性:

《中华人民共和国商标法》第六十条有本法第五十七条所列行为之一，侵犯注册商标专用权，引起争议的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院提起诉讼或者请求工商行政管理部门处理。工商行政管理部门认定侵权行为成立时，应当责令立即停止侵权行为，没收并销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。违法经营额五万元以上的，可以并处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以并处二十五万元以下的罚款。五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，从重处罚。工商行政管理部门应当责令销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，并能证明该商品是自己合法取得的，说明供货者。