厦门市工商行政管理局直属行政机关
主要职责:
制定全市商标监督管理的具体办法和措施；指导、监督和管理商标使用、商标代理和商标印刷；参与商标违法行为的查处，承担涉外商标、驰名商标和特殊标志侵权案件的查处；负责全国驰名商标和福建省著名商标的推荐和保护工作，组织厦门市著名商标的认定和保护工作；指导全市商标行业组织的工作。商标监督管理办公室下设7个基层工商行政管理所，主任1人，副主任1人。
(二)市工商局信息技术管理分局
主要职责:
制定系统信息化建设和统计工作的具体措施和办法；指导并组织实施系统信息化建设；检查和监督系统信息网络的安全运行和维护；组织和指导系统经济学科数据中心的建设；负责系统信息数据的统计、汇总、分析和上报；参与网络商品交易及相关服务行为的监督管理和违法案件的查处。
信息科技管理分局基层工商行政管理局12人，其中局长1人，副局长1人。
(三)市工商局专业市场分局
主要职责:
负责全市各类专业市场、经纪机构和从业人员的监督管理；参与查处专业市场和经纪机构的违法行为。专业市场分局12基层工商行政管理，其中主任1，副主任2。
(4)厦门象屿保税区工商行政管理局
主要职责:
受理事会委托，承担辖区内各类企业的登记工作，对核准登记的企业进行监督管理，办理企业年检；负责辖区内各类市场经营秩序的规范管理和监督，参与辖区内经济违法行为的查处；协助象屿保税区主管部门办理工商行政管理事宜。象屿保税区工商行政管理局基层工商行政管理机构11个，其中主任1个，副主任1个。
(5)厦门火炬高新技术产业开发区工商行政管理局
主要职责:
受理事会委托，承担辖区内各类企业的登记工作，对核准登记的企业进行监督管理，办理企业年检；负责辖区内各类市场经营秩序的规范管理和监督，参与辖区内经济违法行为的查处；协助火炬高技术产业开发区主管部门办理工商行政管理相关事宜。火炬高新技术产业开发区工商行政管理局基层工商行政管理机构12个，其中主任1个，副主任1个。
(6)鼓浪屿-石湾山风景名胜区工商行政管理局。
主要职责:
受理事会委托，承担辖区内各类企业的登记工作，对核准登记的企业进行监督管理，办理企业年检；负责辖区内各类市场经营秩序的规范管理和监督，参与辖区内经济违法行为的查处；协助鼓浪屿-石湾山风景名胜区主管部门办理工商行政管理事宜。鼓浪屿-石湾山风景名胜区工商行政管理局下设9个基层工商所，其中主任1人，副主任1人。
(七)市工商行政管理局大楞台湾小商品交易市场管理处。
主要职责:
受理事会委托，承担辖区内各类企业的登记工作，对核准登记的企业进行监督管理，办理企业年检；负责辖区内各类市场经营秩序的规范管理和监督，参与辖区内经济违法行为的查处；协助大隆向台湾小商品交易市场主管部门办理相关工商行政管理事宜。大隆在台湾小商品交易市场管理处有基层工商行政管理人员10人，其中主任1人，副主任1人。
(八)市工商局12315消费者投诉举报指挥中心。
主要职责:
组织、指导和协调全市12315消费者投诉举报维权网络的规划、建设和运行；受理和分流与消费者权益保护有关的投诉、举报和信访，跟踪监督分流案件的调查处理情况；指导协调全市各级12315消费者投诉举报站(点)的工作；受理全市工商行政管理部门管辖的各类经济违法案件举报，根据案件信息性质进行分类，及时组织分流；为突发、紧急的重大消费安全事件提供应急处置指挥调度平台；提供工商行政管理法律、法规和规章的咨询服务；组织开展保护消费者权益的宣传教育；负责投诉举报信息的统计分析、汇总、上报和应用。12315消费者投诉举报指挥中心有12个基层工商行政管理部门，其中主任1人，副主任2人。
(9)福建省工商行政管理局厦门第一稽查支队
主要职责:
负责查处不正当竞争、商业贿赂、走私、传销、非法直销、无照经营网吧等违法案件；配合相关部门开展扫黄打非等相关执法工作；根据国家工商行政管理总局的委托，承担相关反垄断工作。省工商局厦门市第一稽查支队基层工商行政管理人员10人，其中组长1人，副组长1人。
(10)福建省工商行政管理局厦门第二稽查支队
主要职责:
负责查处经销假冒伪劣商品和侵害消费者合法权益的违法案件；负责查处与工商行政管理行政许可和备案相关的违法案件(营业执照逾期未年检的案件除外)；负责网络交易违法案件和市场、商标、广告、合同监督管理领域违法案件的查处(市局规定由商标、广告监督管理机构另行查处的违法案件除外)。省工商局厦门市第二稽查支队，基层工商行政管理人员8名，其中:组长1，副组长1。
(十一)福建省工商行政管理局厦门口岸经济检查支队
主要职责:
负责查处陆海口岸、机场口岸各类经济违法案件，配合有关部门开展相关执法工作。省工商局厦门口岸经济检查支队有7个基层工商所，其中科长1，副科长1。
(12)福建省工商行政管理局同安区经济检查大队
主要职责:
负责查处同安行政区重大经济违法案件，配合有关部门开展相关执法工作。省工商局同安区经济检查大队下辖5个基层工商所，其中1队长。
上述市工商局直属行政事业单位，除同安区经济检查大队为正科级外，其他行政事业单位均为正科级。其他组织事项另行规定。