你说南科子怎么样？根本就是柯南。
动画中每个案件的顺序与原漫画有较大不同，增加、删减、改动了部分情节，增加了原创动画故事(参考下面的动画目录)。
动画中一些角色的出场时间也发生了变化。比如少年侦探队的成员出现在动画1集，铃木园子的出场时间也提前了。但这也造成了矛盾:在1集，广彦等人认识了新一，但在192集，他们却说不认识新一。
动画前期每一集的片头几乎都是“××事件”的形式，从140集开始就很少使用这个片头了。
动画一开始，因为“低龄化”的定位，制作组屏蔽了动画中带有黑社会性质的黑组织，修改了第五集《新干线大爆炸》和第13集《为家人奇怪的谋杀》中的相关情节，但以下情节无法自圆其说:动画片《新干线事件》中出现了杜松子酒和伏特加，柯南通过窃听得知了它们的代号。[3]但在动画的第五集，改成了两个与组织无关的人——于是“知道他们的代号”就成了“雾狗传说杀人事件”第52集的片头标题。柯南在独白中提到，他已经知道了他们的代号，但具体方式不得而知。漫画《寻亲》中的宫野明美，别名“广田亚米”，最终被杜松子酒和伏特加所揭穿，并被他们暗杀。[4]动画第13集刺客改成了田冲，“广田亚米”的结局也被警方逮捕——因为与海原爱出道相关的明美之死的故事无法与下文衔接，所以动画制作组在海原爱出场前制作了第128集《黑组织抢劫10亿元》，虚构了明美之死的情节，但还是造成了情节漏洞，即而且因为明美之死在动画中被改编，所以漫画中出现芦原的情节也有所延迟(明美出现在漫画第二卷，灰色原理出现在漫画第18卷)，作者青山刚昌创造了服部平次这个角色来代替无法出现的芦原成为柯南的对手。【5】考虑到剧情关联性的因素，动画中后期黑组织的剧情不再是禁忌。
动画《绑架现场的特定事件》第86集和113集《白沙滩上的杀人事件》改编自名侦探柯南的特别漫画(参见词条《名侦探柯南的特别漫画》)，而非原著漫画。
动画第219集《名侦探！工藤新一vs黑场海东的第一个故事《钟楼对决》，改编自《魔斗》[6]第4卷《暗星》，而非《名侦探柯南》，这也是柯南动画集锦中唯一改编自其他漫画作品的故事。这导致了动画中对黑玉快豆(二代黑藤黑羽的真实身份)等人日常生活的正面描述。事实上，柯南从未描述过二代黑羽快斗的真实身份，只指出一代黑羽快斗是黑羽盗一[7]。
漫画Vol.57 File.8《逃亡者》并没有被改编成正式的电视版，只是和OP 23中的故事相似，后来被改编成M 18发行纪念特辑《逃亡者毛利小五郎》(NOTTV手机电视播出)和2015新年特辑《毛利小五郎新年快乐》。
因为版权问题，漫画《吹口哨人连环杀人案》中犯人扮演的披头士“随它去吧”的名字完全隐藏在动画533~535的台词中。同样，“奥斯卡奖”也改成了“尤斯卡奖”，iPhone的商标也换了。
动画第585集出现了“第二学期”这个词，表示柯南已经升到高一第二学期了(注意不是高二，日本学校一年三个学期)。到目前为止，漫画中还没有类似的情节和叙述。
考虑到动画的电视播出时间安排在中午(北京时间14:00-19:00之间)，这段时间主体有未成年人在看电视，动画中死者的血液由红色变为黑色。动画的中后期，死者的眼睛在原著中是由睁着变成闭着的，没有死者脸部的特写。在此之前，有一个尖叫的警告，“尸体”一词被一个更中性的词“遗体”所取代。(这种现象前期在一些片场出现过，后期比较常见。同时《金田少年编年史》开始限制对身体的描写)
动画中还修改了一些对“裸裙”的不当描述，“情色男”改名为“漂浮男”。在第230集，暗示金和贝尔摩有肉体关系的暧昧对话也被删掉了。
在第622集动画《紧急252(第一部)》中，考虑到“3.11”地震灾害中人们的心情问题，动画制作团队也删除了原著中关于地震的描述。