如果公司因产品商标侵权被起诉，对公司声誉有什么影响？对公司以后申请其他指标有影响吗？

更何况，就算输了官司，法院和政府办公室也不相通，也没人知道你们公司有这样的案子。

所以基本没有影响。知识产权虽然要保护，但也不会有这么可怕的后果。判决的话，按判决赔钱，加道歉声明。