在日本设立的分公司可以代替总公司提交商标申请吗？

我不能。根据查询，小盾知识产权网显示。分公司不能代替总公司提交商标申请。分公司只能以分公司的名义作为商标申请人申请商标注册。商标注册成功后，该商标只属于分公司名称。如果总公司需要使用，需要得到分公司的授权，并在商标局办理备案许可手续。