大陆商标局和台湾省商标局有协议吗?

是的。

随着海协会与SEF签署《海峡两岸经济合作框架协议》,国家工商行政管理总局有关部门将进一步加强对台湾省商标权人合法权益的保护。

为保护台湾省商标所有人的合法权益,商标评审委员会将发挥商标评审作用,制止以不正当竞争手段抢注注册商标特别是台湾省注册商标和农产品名称的行为。